A possible role for WNT5A hypermethylation in Pediatric Acute Lymphoblastic LeukemiaÖzden Hatırnaz Ng1, Sinem Fırtına1, İsmail Can1, Zeynep Karakaş2, Leyla Ağaoğlu2, Ömer Doğru3, Tiraje Celkan4, Arzu Akçay5, Yıldız Yıldırmak6, Çetin Timur7, Uğur Özbek1, Müge Sayitoğlu1
1İstanbul University Faculty of Medicine, Institute of Experimental Medicine Research (DETAE), Department of Genetics, İstanbul, Turkey
2stanbul University İstanbul Faculty of Medicine, Department of Pediatric Hematology and Oncology, İstanbul, Turkey
3Akdeniz University Faculty of Medicine, Department of Pediatric Hematology and Oncology, Antalya, Turkey
4İstanbul University Cerrahpaşa Faculty of Medicine, Department of Pediatric Hematology and Oncology, İstanbul, Turkey
5Kanuni Sultan Süleyman Research and Training Hospital, Clinic of Pediatric Hematology and Oncology, İstanbul, Turkey
6Şişli Etfal Research and Training Hospital, Clinic of Pediatric Hematology and Oncology, İstanbul, Turkey
7Medeniyet University Faculty of Medicine, Göztepe Research and Training Hospital, Clinic of Pediatric Hematology and Oncology, İstanbul, Turkey
INTRODUCTION: WNT5A is one of the most studied noncanonical WNT ligands and is shown to be deregulated in different tumor types. Our aim was to clarify whether hypermethylation might be the cause of low WNT5A mRNA levels and whether we could restore this downregulation by reversing the event.
METHODS: The expression of WNT5A mRNA was studied in a large acute lymphoblastic leukemia (ALL) patient group (n=86) by quantitative real-time PCR. The methylation status was detected by methylation-specific PCR (MSPCR) and bisulphate sequencing. In order to determine whether methylation has a direct effect on WNT5A expression, disease-representative cell lines were treated by 5’-aza-20-deoxycytidine.
RESULTS: Here we designed a validation experiment of the WNT5A gene, which was previously examined and found to be differentially expressed by microarray study in 31 T-cell ALL patients. The expression levels were confirmed by quantitative real-time PCR and the expression levels were significantly lower in T-cell ALL patients than in control thymic subsets (p=0.007). MSPCR revealed that 86% of the patients were hypermethylated in the WNT5A promoter region. Jurkat and RPMI cell lines were treated with 5’-aza-20-deoxycytidine and WNT5A mRNA expression was restored after treatment.
DISCUSSION AND CONCLUSION: According to our results, WNT5A hypermethylation does occur in ALL patients and it has a direct effect on mRNA expression. Our findings show that epigenetic changes of WNT signaling can play a role in ALL pathogenesis and reversing methylation might be useful as a possible treatment of leukemia.
Keywords: WNT5A, Methylation, Downregulation, Gene expression, ALL
WNT5A Hipermetilasyonun Çocukluk Çağı Akut Lenfoblastik Lösemideki Olası RolüÖzden Hatırnaz Ng1, Sinem Fırtına1, İsmail Can1, Zeynep Karakaş2, Leyla Ağaoğlu2, Ömer Doğru3, Tiraje Celkan4, Arzu Akçay5, Yıldız Yıldırmak6, Çetin Timur7, Uğur Özbek1, Müge Sayitoğlu1
1İstanbul University Faculty of Medicine, Institute of Experimental Medicine Research (DETAE), Department of Genetics, İstanbul, Turkey
2stanbul University İstanbul Faculty of Medicine, Department of Pediatric Hematology and Oncology, İstanbul, Turkey
3Akdeniz University Faculty of Medicine, Department of Pediatric Hematology and Oncology, Antalya, Turkey
4İstanbul University Cerrahpaşa Faculty of Medicine, Department of Pediatric Hematology and Oncology, İstanbul, Turkey
5Kanuni Sultan Süleyman Research and Training Hospital, Clinic of Pediatric Hematology and Oncology, İstanbul, Turkey
6Şişli Etfal Research and Training Hospital, Clinic of Pediatric Hematology and Oncology, İstanbul, Turkey
7Medeniyet University Faculty of Medicine, Göztepe Research and Training Hospital, Clinic of Pediatric Hematology and Oncology, İstanbul, Turkey
GİRİŞ ve AMAÇ: WNT5A, kanonik olmayan WNT ligandlarının en çok çalışılanıdır ve farklı tümör tiplerinde fonksiyon bozukluğu gösterdiği bilinmektedir. Amacımız tespit edilen düşük WNT5A mRNA miktarının altında yatan sebebin hiper metilasyon olup olmadığını açıklığa kavuşturmak ve bu düşüşü hiper metilasyonu tersine çevirerek düzeltip düzeltemeyeceğimizi belirlemekti.
YÖNTEM ve GEREÇLER: WNT5A mRNA anlatımı, geniş bir ALL hasta gurubunda eş zamanlı kantitatif PZR ile çalışıldı (n=86). Metilasyon durumu metilasyona özgü PZR (MSPZR) ve bisülfit dizileme yöntemleri ile belirlendi. Metilasyonun WNT5A anlatımına doğrudan etkisi olup olmadığı ise hastalık özelliklerini gösteren hücre serilerine 5’-aza-20-deoxycytidine muamelesi ile gösterildi.
BULGULAR: Bu çalışmada daha önceki çalışmamızda mikro dizi analizi ile belirlenen düşük WNT5A anlatımının doğrulanması için mRNA anlatımı eş zamanlı kantitatif PZR yöntemi ile belirlendi ve T-ALL hastalarında kontrol timositlere göre istatistiki olarak anlamlı bir düşüş gözlendi (p=0,007). MSPZR ise hastaların %86’sında WNT5A geni promotör bölgesinin hiper metile olduğunu gösterdi. Jurkat ve RPMI hücre serileri 5’AZA ile muamele edildi ve WNT5A mRNA anlatımının yeniden arttığı belirlendi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızın sonuçlarına göre ALL hastalarında WNT5A hiper metilasyonu gözlenmektedir ve mRNA anlatımına doğrudan etkisi bulunmaktadır. Sonuçlarımız WNT sinyal ileti yolundaki epigenetik değişikliklerin ALL patogenezinde rol oynadığını göstermektedir ve metilasyonun tersine çevrilmesi lösemiler için olası bir tedavi yöntemi olarak kullanılabilir.
Anahtar Kelimeler: WNT5A, Metilasyon, Azalarak düzenlenme, Gen ekspresyonu, ALL
Özden Hatırnaz Ng, Sinem Fırtına, İsmail Can, Zeynep Karakaş, Leyla Ağaoğlu, Ömer Doğru, Tiraje Celkan, Arzu Akçay, Yıldız Yıldırmak, Çetin Timur, Uğur Özbek, Müge Sayitoğlu. A possible role for WNT5A hypermethylation in Pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia. Turk J Hematol. 2015; 32(2): 127-135
Corresponding Author: Müge Sayitoğlu, Türkiye |
|