Gap-PCR Screening for Common Large Deletional Mutations of β-Globin Gene Cluster Revealed a Higher Prevalence of the Turkish Inversion/Deletion (δβ)0 Mutation in AntalyaTürker Bilgen1, Özden Altıok Clark3, Zeynep Öztürk4, M. Akif Yeşilipek4, İbrahim Keser21Akdeniz University Faculty of Medicine, Department of Medical Biology and Genetics, Antalya, Turkey, Namık Kemal University Central Research Laboratory (NABİLTEM), Tekirdağ, Turkey
2Akdeniz University Faculty of Medicine, Department of Medical Biology and Genetics, Antalya, Turkey
3Akdeniz University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics, Antalya, Turkey
4Akdeniz University Faculty of Medicine, Department of Pediatric Hematology and Oncology, Antalya, Turkey
INTRODUCTION: Although the calculated carrier frequency for point mutations of the β-globin gene is around 10% for Antalya Province, nothing is known about the profile of large deletional mutations involving the β-globin gene. In this study, we aimed to screen common deletional mutations in the β-globin gene cluster in patients for whom direct DNA sequencing was not able to demonstrate the mutation(s) responsible for the disease phenotype.
METHODS: Thirty-one index cases selected with a series of selection events among 60 cases without detected β-globin gene mutation from 580 thalassemia-related cases tested by direct sequencing over the last 4 years in our diagnostic center were screened for the most common 8 different large deletional mutations of the β-globin gene cluster by gap-PCR.
RESULTS: We detected 1 homozygous and 9 heterozygous novel unrelated cases for the Turkish inversion/deletion (δβ)0 mutation in our series of 31 cases. Our study showed that the Turkish inversion/ deletion (δβ)0 mutation per se accounts for 16.6% of the unidentified causative alleles and also accounts for 1.5% of all detected mutations over the last 4 years in our laboratory.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Since molecular diagnosis of deletional mutations in the β-globin gene cluster warrants different approaches, it deserves special attention in order to provide prenatal diagnosis and prevention opportunities to the families involved. We conclude that the Turkish inversion/deletion (δβ)0, as the most prevalent deletional mutation detected so far, has to be routinely tested for in Antalya, and the gap- PCR approach has valuable diagnostic potential in the patients at risk.
Keywords: Deletional mutations, Turkish inversion/deletion (δ, β)0 mutation, Gap-PCR, β-Globin gene cluster
β-Globin Gen Kümesini İçine Alan Büyük Delesyonel Mutasyonların Gap-PCR ile Taranması Türk Tipi İnversiyon/Delesyon (δβ)0 Mutasyonunun Antalya’da Yüksek Sıklıkta Olduğunu GösterdiTürker Bilgen1, Özden Altıok Clark3, Zeynep Öztürk4, M. Akif Yeşilipek4, İbrahim Keser21Akdeniz University Faculty of Medicine, Department of Medical Biology and Genetics, Antalya, Turkey, Namık Kemal University Central Research Laboratory (NABİLTEM), Tekirdağ, Turkey
2Akdeniz University Faculty of Medicine, Department of Medical Biology and Genetics, Antalya, Turkey
3Akdeniz University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics, Antalya, Turkey
4Akdeniz University Faculty of Medicine, Department of Pediatric Hematology and Oncology, Antalya, Turkey
GİRİŞ ve AMAÇ: Beta-globin genindeki nokta mutasyonlarının sıklığı Antalya bölgesi için yaklaşık %10 olarak belirlenmiş olmasına rağmen, betaglobin genini içine alan büyük delesyonel tip mutasyonların profili hakkında hiçbir şey bilinmemektedir. Bu çalışmada, DNA dizi analizi yöntemiyle beta-globin geninde hastalığın oluşmasından sorumlu mutasyon(lar) tespit edilememiş talasemili olgularda beta-globin gen kümesinde yaygın görülen büyük delesyonel mutasyonları taramayı amaçladık.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Son dört yıl boyunca tanı merkezimizde DNA dizi analizi yöntemiyle test edilmiş, talasemiyle ilişkilendirilen 580 olgu arasından öncelikle beta-globin geni mutasyonu belirlenememiş 60 olgu seçildi. Bu 60 olgu arasından bir seri seleksiyon işlemi uygulanarak nihai olarak belirlenmiş 31 hasta, beta-globin gen kümesinde en yaygın görülen sekiz farklı büyük delesyonel tip mutasyon için gap- PCR yöntemiyle tarandı.
BULGULAR: Otuz bir olgudan oluşan serimiz içerisinde, Türk tipi inversiyon/delesyon (δβ)0 mutasyonu açısından heterozigot olan dokuz yeni olgu ve homozigot olan bir yeni olgu belirlendi. Çalışmamız Türk tipi inversiyon/delesyon (δβ)0 mutasyonunun, laboratuvarımızda son dört yıl boyunca tespit edilmiş tüm mutasyonların %1,5’ini ve DNA dizi analizi yöntemiyle mutasyon tespit edilemeyen alellerin ise %16,6’sını oluşturduğunu gösterdi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Beta-globin gen kümesinde delesyonel tip mutasyonlar farklı moleküler yöntemlerle tespit edilebilir. Bu durum prenatal teşhis ve hastalığı önleme fırsatı sağlayabildiği için özel bir ilgi gerektirmektedir. Sonuç olarak, toplumumuzda şu ana kadar belirlenmiş en sık görülen delesyonel tip mutasyon olan Türk tipi inversiyon/delesyon (δβ)0 mutasyonu Antalya’da rutin olarak test edilmelidir ve gap-PCR yöntemi risk altındaki hastalar için önemli bir tanı potansiyeline sahiptir.
Anahtar Kelimeler: Delesyonel mutasyonlar, Türk tipi inversiyon/delesyon (δ, β)0 mutasyonu, Gap-PCR, Beta-globin gen kümesi
Türker Bilgen, Özden Altıok Clark, Zeynep Öztürk, M. Akif Yeşilipek, İbrahim Keser. Gap-PCR Screening for Common Large Deletional Mutations of β-Globin Gene Cluster Revealed a Higher Prevalence of the Turkish Inversion/Deletion (δβ)0 Mutation in Antalya. Turk J Hematol. 2016; 33(2): 107-111
Corresponding Author: Türker Bilgen, Türkiye |
|